Ertmės dydisciklodekstrinasmolekulės gali sutapti su svečių molekulėmis, o hidroksilo grupės ertmės kraštuose gali sudaryti vandenilinius ryšius su svečių molekulėmis. Hidrofobinis interjero pobūdis leidžia jame apklijuoti lipofilines molekules. Vadinasi, jis turi galimybę atpažinti organines molekules ir selektyviai su jomis sąveikauti. Jis sėkmingai taikomas įvairiuose chromatografiniuose ir elektroforeziniuose metoduose, siekiant atskirti įvairius izomerus ir enantiomerus.
Daugelis vaistų ar jų pirmtakų turi bent vieną chiralinį centrą ir dažnai vienas enantiomeras yra aktyvus, o kitas neaktyvus ar net toksiškas. Ciklodekstrino arba ciklodekstrino polimerų naudojimas pagerina enantiomerų atskyrimo technologiją, ypač su chiralinėmis molekulėmis modifikuotu ciklodekstrinu. Pavyzdžiui, Tang Kuoven ir kt. panaudota- ciklodekstrinaspolimeras kaip stacionarioji fazė, polidimetilsiloksanas kaip skiediklis ir dujų chromatografija, siekiant atskirti pozicinius ir chiralinius aromatinių junginių izomerus. Eksperimentiniai rezultatai rodo, kad šis ciklodekstrinas pasižymi stipriu chiralinio atpažinimo gebėjimu, ypač parodydamas reikšmingas alkenų, ketonų, esterių ir kt. enantiomerų atskyrimo galimybes.
